Questa è la seconda versione di coccodrilli allevati in cattività: 100 sono stati rilasciati all'inizio del 2016 dalla stessa struttura. La loro nuova casa è una regione della palude accantonata come rifugio per animali selvatici, dove, criticamente, non ci sono coccodrilli americani da trovare. Le due maggiori minacce al coccodrillo cubano sono la caccia e l'ibridazione con i loro cugini americani. Mentre i coccodrilli americani preferiscono l'acqua salata e l'acqua dolce dei cubani, lo sviluppo e il restringimento dell'habitat stanno forzando le due specie a interagire e ibridarsi. Troppa ibridazione e il meno numeroso coccodrillo cubano cesserebbe di esistere come specie indipendente.
La popolazione di riproduzione in cattività a Cuba ha pochi individui ibridi, ma una popolazione geneticamente pura al Bronx Zoo di New York offre ai gruppi di conservazione un piano di riserva, se i loro geni fossero necessari.