La spiegazione comunemente accettata dell'estinzione continentale del thylacine ha coinvolto tre fattori: l'uomo, i dingo e il clima. È stato sospettato che il clima abbia avuto un ruolo secondario, e che i dingo, introdotti in Australia circa 5.000 anni fa, e la crescente popolazione di esseri umani sempre più sofisticati abbia escluso i thylacines come predatori. La popolazione della Tasmania, separata dalla terraferma circa 14.000 anni fa, sopravvisse fino al 1936, quando l'ultimo indiduo conosciuto morì in uno zoo di Hobart.
Ma il DNA mitocondriale di 51 esemplari di thylacine provenienti dall'Australia e dalla Tasmania suggerisce che un evento di El Niño-Southern Oscillation ha contribuito all'estinzione del continente. Le prime popolazioni in Australia erano geneticamente diverse, ma il modello meteorologico scatenò una serie di siccità prolungate, particolarmente difficili per coloro che vivevano nell'arida Australia occidentale. Ciò ha contribuito alla loro estinzione, così come quella della popolazione continentale dei diavoli della Tasmania. Le condizioni erano un po 'migliori in Tasmania - i thylacines erano scesi di numero, ma hanno iniziato a riprendersi circa 700 anni fa - giusto in tempo per l'arrivo degli europei.